Дмитрий Николаевич Иванков окончил факультет радиоинженерии и кибернетики Московского физико-технического института (МФТИ) в 1999 году. 

Затем в течение 10 лет он изучал вопросы сворачивания белков в Институте белка (ИБ РАН). 

В 2006 году он защитил докторскую диссертацию «Теория скорости сворачивания белков». 

В 2010–2013 годах он работал в Мюнхенском техническом университете, анализируя новые сигнальные пептиды, полученные с помощью протеогеномики. С 2014 года он работает над анализом эпистаза в группе эволюционной геномики, возглавляемой Фёдором Кондрашовым. 

В 2019 году он присоединился к Сколтеху в качестве старшего преподавателя в Центре молекулярной и клеточной биологии.